La crisis del biogás ha provocado importantes ceses y dimisiones en la Dirección General de Medio Ambiente de Navarra, en un contexto crítico para la gestión ambiental de la región. A pesar de las afirmaciones de la directora general, Ana Bretaña, el Gobierno ha desmentido cualquier relación entre los cambios internos y la controversia sobre las instalaciones de biometanización. La reorganización se consideró necesaria para abordar el incumplimiento de objetivos de gestión de residuos observados en 2024 y 2025.
Bretaña defendió en una comparecencia parlamentaria que las decisiones son independientes de cuestiones políticas y que están motivadas por criterios de eficiencia organizativa. Sin embargo, la oposición, especialmente el partido UPN, ha expresado desconfianza respecto a las justificativas del Gobierno y ha señalado que estas modificaciones podrían ocultar problemas más graves en la política ambiental. La controversia persiste en torno a las plantas de biogás, un tema que sigue generando divisiones entre administraciones, empresas y la sociedad civil en Navarra.